Al ritorno da una missione, Sheppard trova la città abbandonata e circondata dal deserto. Al suo arrivo un ologramma di McKay si attiva, informandolo che in seguito a un imprevisto con lo Stargate, John ha viaggiato 48.000 anni nel futuro. Rodney spiega che la sua sparizione ha segnato l’inizio della fine per la spedizione di Atlantide. Tuttavia, McKay afferma di aver escogitato un piano per riportare Sheppard indietro nel passato e ristabilire così la linea temporale.