Poseidone rivela tutti i suoi piani a Sara sostenendosi il padre di Mike. La donna rivela ciò che ha fatto Jacob a Van Gogh. Quest’ultimo, indeciso sul da farsi, ferma A&W, che gli spara a sangue freddo. Michael ne approfitta per fuggire con Sara, ma Jacob ha ancora loro figlio e lo convince di essere un agente segreto nonchè suo padre. Mentre Lincoln si trova in ospedale, viene progettato un nuovo complesso piano per liberare il bambino. A&W e Jacob si recano allo zoo credendo di trovare Michael, che in realtà è nel quartier generale di Poseidone per raccogliere tutte le prove che lo incastrano. Lincoln riesce a far arrestare Abruzzi mentre Sara convince Van Gogh a dirle dove si trova Mike.

Michael, come prestabilito, incontra Jacob in un deposito portuale ed inizia una serie di contromosse in cui muoiono Wiph e A&W, uccisa da T-Bag per vendicare il figlio. I Federali li raggiungono avendo ricevuto una “soffiata anonima” da Jacob e arrestano T-Bag. Sara e Lincoln salvano il piccolo Mike. Intanto, Jacob cade nella trappola pianificata da Michael e viene incarcerato a Fox River con Bagwell, mentre i protagonisti possono finalmente dirsi liberi e gioiosamente insieme.