Ja decide di rimanere a Scheria mentre gli altri partono in barca per Creta, in Grecia. Lincoln chiama Sara spiegandole le condizioni di Michael. Lei, avvisato Jacob, prende un volo per raggiungerli a Creta. Ella rincontra Michael e riesce a curarlo. Egli le rivela che Jacob è Poseidone e che quest’ultimo è il vero assassino dell’ufficiale della CIA. Sara torna negli USA per assicurarsi che Mike stia bene; ma scopre che è stato catturato dagli scagnozzi di Jacob. Michael reincontra Sucre a bordo della nave commerciale su cui lavora. Il capitano della nave però viene informato riguardo Outis ed allerta le autorità. Vengono inviate dunque le forze speciali della Marina statunitense per uccidere Michael. Sucre elabora un piano per costringere i “SEALs” ad andar via; a questo punto un frustrato Jacob ordina di inviare un missile contro la nave, che però esplode subito dopo il salto in mare di Michael e gli altri. Intanto, il successore di Kellerman incontra A&W e Van Gogh per la loro operazione clandestina, ma viene fatto fuori da questi ultimi.