Al fine di far rivivere MegaMan, la sua struttura di back-up deve essere recuperata dalla rete dello Sci-Lab. Tuttavia, PharaohMan ha preso il controllo di tutta la rete e l’ha trasformata in un deserto. Il padre di Lan ha un piano per recuperare la struttura di MegaMan, ma occorre che i Net-Navi degli amici di Lan si introducano nello Sci-Lab; PharaohMan interviene e costringe tutti alla fuga. Purtroppo, GutsMan fa una brutta fine mentre cerca di trarre in salvo Roll.