Il Professor Agasa accompagna i Giovani Detective in una pensione montana per un’osservazione astronomica. Conan, ossessionato dal numero digitato dal sospettato nel caso precedente, scopre dal professore che l’uomo ha contatti frequenti a Kurayoshi, nella prefettura di Tottori. Il piccolo detective mantiene il massimo riserbo sulle sue indagini con Ai, la quale osserva con crescente sospetto il suo insolito interesse per quella località. Durante un’escursione boschiva, il gruppo s’imbatte in un macabro ritrovamento: uno scheletro umano accompagnato da alcuni mozziconi di sigaretta. Conan analizza i resti per capire se si tratti di una vecchia sparizione o di un delitto recente occultato tra la vegetazione.