Ran rivela a Conan che Akai è un agente dell’FBI incontrato a New York. Analizzando il diario di Itakura, Conan e Agasa scoprono un testo nascosto: l’Organizzazione ha commissionato all’ingegnere un software che lui ha scelto di non ultimare “per il bene dell’umanità”. Emerge inoltre un’inquietante frase di Vermouth: “Possiamo essere sia Dio che il Diavolo, poiché stiamo cercando di resuscitare i morti contro lo scorrere del tempo”.

Seguendo le tracce del diario, Conan e il professore raggiungono la baita di Itakura per recuperare il programma incompleto prima dei criminali. Mentre perlustrano l’abitazione nel cuore della notte, il telefono squilla: è Vodka, convinto di parlare con l’ingegnere per concordare i dettagli della consegna. Conan decide di rischiare il tutto per tutto, rispondendo alla chiamata con il modulatore vocale per tendere una trappola all’Organizzazione.