Un flashback rievoca il sacrificio dell’agente Matsuda, morto per identificare la posizione di un ordigno, confessando nell’ultimo SMS il suo amore per Sato. Nel presente, l’incubo ritorna: l’auto di Shiratori esplode e l’ispettore finisce in ospedale in gravi condizioni. Sato rinviene un messaggio scritto dalla stessa mano dell’attentatore di allora. Conan decifra il codice e individua la bomba nella torre di Tohto.

Mentre una bambina resta bloccata nell’ascensore fermo per una prima esplosione, Conan e Takagi intervengono, ma rimangono intrappolati con un ordigno in grado di distruggere l’intera struttura. Come accadde a Matsuda, la bomba mostrerà la posizione di un altro esplosivo solo tre secondi prima della deflagrazione. Con nervi d’acciaio, Conan legge la prima parte del messaggio, intuisce che il bersaglio è il liceo di Ran e disinnesca il timer a un solo secondo dalla fine. La polizia mette in sicurezza la scuola e Sato riesce a catturare il criminale, vendicando il collega.